Akademia Krakowska
Państwo Polskie w latach panowania Kazimierza Wielkiego (1333 – 1370) stawało się w szybkim tempie państwem dobrze rozwiniętym gospodarczo i kulturalnie. Dla jeszcze lepszego jej funkcjonowania potrzebne były kadry wykształconych prawników, nauczycieli i księży, a więc należało zadbać o powstanie uniwersytetu. Najbliżej Polski działał Uniwersytet Karola w Pradze, jednak ambicją Kazimierza Wielkiego były starania o uzyskanie zgody od papieża na założenie własnej uczelni, aby polska młodzież nie musiała udawać się na długie i uciążliwe studia zagraniczne.
Papież wydał zgodę i pisemne polecenie na rozpoczęcie prac zmierzających do otwarcia uniwersytetu. Król nie czekając na ostateczną akceptację papieża ogłosił 12 maja 1364 roku akt fundacji uczelni krakowskiej. Funkcjonowała ona wówczas pod różnymi nazwami, m. in.: Studium Generale, Akademia Krakowska, Szkoła Główna Koronna, Szkoła Główna Krakowska, Uniwersytet Krakowski.
Organizacja Akademii Krakowskiej oparta była na wzorach bolońskich tzn.: rektora wybierano spośród ogółu studiujących, studenci mogli wybierać sobie mistrzów, u których pobierali naukę. Celem tego uniwersytetu była przede wszystkim służba państwu, zwłaszcza w dziedzinie prawa i dyplomacji, pomoc w zjednoczeniu społeczeństwa i skupienia go wokół władzy królewskiej. Nad egzaminami i nadaniami stopni naukowych czuwał kanclerz królewski (ten fakt przypominał z kolei model paryski), on też pilnował wypełniania praktyk w sądach przez studentów. Mistrzowie byli wynagradzani ze skarbu państwa, scholarzy wybierali rektora, któremu przyrzekali posłuszeństwo i poddaństwo wobec jego jurysdykcji. Zarówno rektor, jak i profesorowie byli opłacani ze skarbu państwa, przez urzędników króla, a źródłem tego dochodu były żupy solne w Wieliczce i Bochni. Kazimierz Wielki wyznaczył jednego Żyda w Krakowie, który mógł udzielać pożyczek studentom i profesorom.
W Akademii Krakowskiej funkcjonowały następujące wydziały: sztuk wyzwolonych (1 katedra), medycyny (2 katedry) i prawa (8 katedr, w tym 5 prawa rzymskiego). Papież nie zgodził się na powołanie najbardziej prestiżowego wydziału teologii. Przy braku czwartego fakultetu uczelnia posiadała status akademii, nie uniwersytetu. Po raz pierwszy w historii studenci prawa po wykładach mieli odbywać swego rodzaju praktyki w sądach.
Kazimierz Wielki zadbał o najmniejsze nawet szczegóły życia studentów w Krakowie. Rajcy i ławnicy krakowscy zapewnili studentom pełne bezpieczeństwo przebywania w mieście i wyjazdu do domów, zapewnili też bezpłatne przewożenie żywności i dobytku. Studenci podlegali jurysdykcji rektora, z wyjątkiem ciężkich przestępstw tj.: morderstw, gwałtów, cudzołóstwa – wówczas studenci świeccy podlegali sądownictwu króla, natomiast klerycy sądownictwu biskupa.
Śmierć króla Kazimierza Wielkiego spowodowała kryzys w funkcjonowaniu Akademii, jednak jej działalność nie ustała. Już w 1396 roku wystąpiono, przy dużym poparciu królowej Jadwigi do papieża o możliwość otwarcia fakultetu teologicznego. W 1397 roku papież Bonifacy IX ogłosił bulle, w której przyznał możliwość studiów teologicznych, niestety dopiero w 1400 roku można było bez przeszkód finansowych i kadrowych rozpocząć pracę na uniwersytecie. Ogromny wkład miała tu Jadwiga Andegaweńska, która W swoim testamencie zapisała krakowskiej uczelni swój majątek osobisty. Klejnoty królowej umożliwiły odnowienie uniwersytetu w pełnym kształcie, z czterema wydziałami typowymi dla średniowiecznych uniwersytetów. Spośród nich najważniejszy był wydział teologiczny, który dla każdego profesora był ukoronowaniem kariery naukowej. Uniwersytet Jagielloński był pierwszym uniwersytetem w Europie posiadającym samodzielne katedry matematyki i astronomii.
W XV i na początku XVI wieku Akademia Krakowska przeżywała okres rozkwitu. Studiowali na niej także studenci zagraniczni. Wówczas to dyrektorami uczelni byli Stanisław ze Skarbimierza i Paweł Włodkowic. Podstawą działania uczelni stał się przywilej królewski ułożony przez Mikołaja Trąbę. Miał on nieco inny charakter, bowiem Władysław Jagiełło określił w nim całkowicie nowe zasady życia i funkcjonowania żaków oraz profesorów. Budynek kolegium uniwersyteckiego był jednocześnie siedzibą studium i domem mieszkalnym dla profesorów, został on obdarzony immunitetem i prawem azylu. Generalnym strażnikiem Akademii został biskup krakowski. W tym czasie znana była także krakowska szkoła matematyczna i astrologiczna. W Krakowie studiował Mikołaj Kopernik, a także wielu późniejszych profesorów zachodnioeuropejskich. Kraków był też ważnym ośrodkiem naukowym nauk alchemicznych, której uczyli profesorowie medycyny.
Zmierzch świetności Akademii przychodzi wraz z reformacją. Akademia traci studentów zagranicznych, a liczba studentów polskich i litewskich maleje. Wieki XVII i XVIII pogłębiały tylko kryzys uczelni. Akademia uwikłała się w konflikt z jezuitami, popieranymi przez króla, którzy opierali się nowoczesnym prądom naukowym. W połowie XVIII wieku pojawiają się pierwsze reformy. Wprowadzone m.in. systematyczne nauczanie języków niemieckiego i francuskiego, wykłady na temat prawa polskiego, geografii i inżynierii wojskowej. W roku 1748 powstaje katedra prawa natury. Gruntowną reformę przeprowadza działający z ramienia Komisji Edukacji Narodowej Hugo Kołłątaj. Stworzył on wówczas nową strukturę organizacyjną uniwersytetu, który nosił wówczas nazwę Szkoły Głównej Koronnej. Otwarto wówczas obserwatorium astronomiczne, kliniki, pierwsze laboratoria, powstał ogród botaniczny. Językiem wykładowym został ostatecznie język polski, a wykłady prowadzone były w duchu filozofii Oświecenia.
Po odzyskaniu niepodległości Uniwersytet Jagielloński był najważniejszym spośród istniejących wówczas pięciu polskich uniwersytetów. Rozbudowano go o gmach Biblioteki Jagiellońskiej. Jednak kryzys finansów państwowych w latach 30. doprowadził do likwidacji kilku katedr. W roku akademickim 1937/38 na wszystkich wydziałach uniwersytetu wprowadzono zasadę numerus clausus studentów pochodzenia żydowskiego, ograniczając ich liczbę do około 10% ogólnej liczby studiujących.
Wybuch II wojny był najtrudniejszym momentem historii uniwersytetu. 6 listopada 1939, pod pretekstem wykładu, okupanci zaprosili profesorów i asystentów uniwersytetu, których aresztowano w liczbie 144 i zesłano do obozu koncentracyjnego. Łącznie w latach 1939-1945 zginęło 34 profesorów uniwersytetu, w tym także zamordowanych w Katyniu przez Rosjan. W czasie trwania wojny uniwersytet był zamknięty, a jego wyposażenie niszczone. Mimo to zorganizowano nauczanie na Tajnym Uniwersytecie Jagiellońskim, w którym udział brało około 900 studentów. Rektorem tajnego uniwersytetu został profesor Władysław Szafer. Zajęcia prowadziło 140 naukowców.
Zajęcia uniwersyteckie udaje się uruchomić już w miesiąc po zakończeniu okupacji Krakowa. Kontrolę nad uniwersytetem przejmuje PZPR, który usuwa niektórych niepokornych profesorów. Wydzielonych zostaje kilka wydziałów, z których tworzy się nowe szkoły wyższe (Akademię Rolniczą, Akademię Wychowania Fizycznego, Akademię Medyczną), ulega likwidacji Wydział Teologii. Władze komunistyczne likwidują także autonomię uczelni.
Po przemianach ustrojowych uniwersytet może działać w nowych warunkach, w których przywrócono mu należną uczelniom wyższym autonomię. W 1993 włączono na powrót Collegium Medicum, do 2004 UJ był jedynym uniwersytetem w Polsce posiadającym wydziały medyczne.
